Nach zwei Jahren der Vereinszugehörigkeit und einer Saison ohne Pflichtspieleinsatz, in deren zweiter Hälfte ihm nicht einmal mehr ein Kaderplatz vergönnt war, verlässt Aleksandar Ignjovski den SC Freiburg erwartungsgemäß. Er schließt sich Zweitligaaufsteiger 1. FC Magdeburg an, wo er mit einem Zweijahresvertrag bis Sommer 2020 und der Trikotnummer 18 ausgestattet wird.
Vor seiner Zeit beim Sportclub sammelte der in Abwehr und Mittelfeld einsetzbare Fußballer auch bei Eintracht Frankfurt und Werder Bremen Erfahrungen in der 1. Bundesliga. Im deutschen Unterhaus war er von 2009 bis 2011 unterwegs: 53 Zweitligapartien absolvierte Ignjovski damals als Leihgabe von OFK Belgrad für den TSV 1860 München.